Ludowy Klub Sportowy 99 Pruchna został założony w 1999r. "Założycielami klubu m.in. są byli piłkarze którzy grali w LKS Pruchna lecz klub rozwiązano". Do pierwszych rozgrywek LKS 99 PRUCHNA przystąpiła w 2003r. w B-klasie podokręgu Skoczów. Pierwszym trenerem w historii klubu został Rajnard Pilarek. Legendami klubu są kierownik drużyny, który obejmuje tę funkcję od początku aż do teraz Ferdynand Gabryś oraz wieloletni prezes drużyny Józef Obracaj. Natomiast piłkarskimi legendami są Jacek Gabryś i Tomek Gabryś, obecnie zawodnicy LKS-u, którzy grają w klubie od meczu inauguracyjnego. Największym wydarzeniem w historii klubu jest mecz piłki nożnej z okazji XXX-lecia istnienia Podokręgu Skoczów, który odbył się 24 czerwca 2007r. W spotkaniu zmierzyły się Drużyna Gwiazd oraz reprezentacja A, B i C-klasy skoczowskiego Podokręgu. Na Trybunach zgromadziło się w tedy 1500 osób. Największą gwiazdą meczu był Ireneusz Jeleń (AJ Auxerre)
Historia Seniorów
Sezon 2003/2004 - Klasa B 11 miejsce 30 pkt
Sezon 2004/2005 - Klasa B 9 miejsce 40 pkt
Sezon 2005/2006 - Klasa B 10 miejsce 37 pkt
Sezon 2006/2007 - Klasa B 8 miejsce 25 pkt
Puchar Polski Grupa Śląsk ZPN - Skoczów
Odpadnięcie w 1 Rundzie
Sezon 2007/2008 - Klasa B 2 miejsce 41 pkt
Awans do Klasy A Podokręgu Skoczów
Sezon 2008/2009 - Klasa A 9 miejsce 28 pkt
Sezon 2009/2010 - Klasa A 3 miejsce 46 pkt
Puchar Polski Grupa Śląsk ZPN - Skoczów
Odpadnięcie w 1 Rundzie
Sezon 2010/2011 - Klasa A 6 miejsce 39 pkt
Sezon 2011/2012 - Klasa A 4 miejsce 48 pkt
Sezon 2012/2013 - Klasa A 1 miejsce 65 pkt
Awans do Bielskiej Ligi Okręgowej
Sezon 2013/2014 - Liga okręgowa 5 miejsce 54 pkt
Puchar Polski Grupa Śląsk ZPN - Skoczów
Odpadnięcie w 2 rundzie
Sezon 2014/2015 - Liga Okręgowa 11 miejsce 33 pkt
Puchar Polski Grupa Śląsk ZPN - Skoczów
Opadnięcie w 1 rundzie
Sezon 2015/2016 - Liga okręgowa 9 miejsce 40 pkt
Puchar Polski Grupa Śląsk ZPN - Skoczów
Odpadnięcie w 1 rundzie
Historia Juniorów
Sezon 2005/2006 - Gruba C 1 miejsce 37 pkt
Awans do Grupy B Podokręgu Skoczów
Sezon 2006/2007 - Grupa B 10 miejsce 22 pkt
Sezon 2007/2008 - Grupa B 10 miejsce 6 pkt
Sezon 2008/2009 - Grupa B 8 miejsce 20 pkt
Sezon 2009/2010 - Grupa B 6 miejsce 21 pkt
Sezon 2010/2011 - Grupa B 7 miejsce 14 pkt
Sezon 2011/2012 - Grupa B 3 miejsce 40 pkt
Awans do Grupy A Podokregu Skoczów
Sezon 2012/2013 - Grupa A 5 miejsce 43 pkt
Sezon 2013/2014 - Grupa A 2 miejsce 48 pkt
Sezon 2014/2015 - Grupa A 1 miejsce 66 pkt (komplet)
Rezygnacja z awansu, decyzja o udziale w rozgrywkach IV Ligi Juniorów Podokręg Skoczów (dawniej Grupa B)
Sezon 2015/2016 - IV Liga 1 miejsce 37 pkt
Awans do III Ligi Juniorów - Podokręg Skoczów